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  • 2004年 获“全国高校优秀科技期刊A类二等奖”
  • 2005年 获“高校科技期刊先进集体奖”
  • 2006年 获“首届中国高校精品科技期刊奖” 
  • 2006年 被评为“首届福建省高校精品学报奖”
  • 2007年 在“期刊出版形式规范检查”中全项优秀
  • 2008年 获“高校科技期刊先进集体奖”
  • 2008年 获“第二届中国高校精品科技期刊奖”
  • 2008年 被评为“2008年度中国精品期刊”
  • 2008年 被评为“2008年度福建省十佳期刊”
  • 2009年 获“全国高校科技期刊优秀编辑质量奖”
  • 2009年 获“第四届华东地区优秀期刊奖”
  • 2010年 获“第三届中国高校精品科技期刊奖”
  • 2011年 被评为“第2届中国精品科技期刊”
  • 2011年 在《中国学术期刊评价报告》（2011-2012）中被评为“RCCSE中国权威学术期刊”
  • 2012年 获“第四届中国高校精品科技期刊奖”
  • 2013年 获“第五届华东地区优秀期刊奖”
  • 2015年 网站荣获第三届中国高校科技期刊优秀网站奖
  • 2016年 获“中国高校百佳科技期刊奖”
  • 2017年 网站荣获第四届中国高校科技期刊优秀网站奖
  • 2017年 获“第六届华东地区优秀期刊奖”
  • 2018年 获“中国高校百佳科技期刊奖”
  • 2020年 获“中国高校百佳科技期刊奖”
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    《厦门大学学报（自然科学版）》2021年03期   
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